連作障害是由下列一種或幾種原因造成的：作物根系分泌的有害物質逐年在土壤中積累之后，就會對其產生毒害作用；連作下會使同種或同類作物的土傳病害的病原菌在土壤中越積越多；同一種作物往往具有相同的根系和偏愛某一兩種微量元素，連續的吸收就會造成在這一土層出現缺乏營養，從而導致生長異常；同一種作物根系的分泌物相同，在這種分泌物下，有些土壤微生物就可能大量繁衍，有些可能被壓制，土壤微生物群落的異化會導致土壤性能的變化。